Aún antes de la formación de la Organización Mundial de Comercio (OMC), EEUU se quejó en dos instancias frente al GATT, Acuerdo General sobre Aranceles Aduaneros y Comercio, sobre las políticas europeas de importación del banano: en 1993, justo antes de que la UE estableciera el régimen de importación del banano, el GATT ya había juzgado los regímenes de importaciones nacionales, los que estaban por desaparecer por ser incompatibles con sus reglas. El segundo juicio, en 1994, también fue a favor de EEUU. Algunos aspectos del régimen europeo del banano se consideraron incompatibles con las reglas del GATT en que dieron preferencia a algunos miembros de GATT y no a otros. El GATT, de todos modos, no tenía los mecanismos necesarios para forzar una reforma en la política de la UE o aplicar una sanción.

Durante este período, el régimen europeo del banano fue también desafiado en varias ocasiones: en la Corte Europea de Justicia y en las cortes alemanas. La mayoría de estos desafíos se llevaron a cabo por las compañías importadoras alemanas que se sintieron engañadas por el régimen. De todos modos, ninguno de estos desafios legales fueron exitosos.

Luego en 1996, un poco más de un año después del establecimiento de la OMC, cinco países – Honduras, Guatemal, Ecuador, México y Estados Unidos – presentaron una queja en contra de los elementos del régimen europeo del banano que consideraban ‘descriminatorios’ para sus intereses. Honduras, Guatemala y Ecuador, los exportadores más grandes del mundo, dijeron que no tenían acceso suficiente al mercado europeo. EEUU estuvo por supuesto involucrado en nombre de sus compañías internacionales, una de ellas, Chiquita, estaba especialmente dispuesta a aumentar el acceso al mercado europeo.

Cuando una queja se presenta ante la OMC, su Órgano de Solución de Diferencias (OSD) establece un grupo especial – un panel de expertos cuyo rol es determiner si la política desafiada es compatible o no con los principios básicos de la OMC. Este grupo especial o panel puede convocar a cualquier país, involucrado directamente o no, para presentarse ante sus expertos. Sin embargo, los países con conocimiento limitado sobre las leyes de comercio se encuentran en desventaja: el representante legal del Gobierno de Santa Luciana fue expulsado del grupo especial porque no era un ciudadano de Santa Luciana.

Luego de 16 meses de deliberación, de haber escuchado a 27 países y publicado cuatro reportes de cientos de páginas, el OSD publica su sentencia: la Unión Europea fue autorizada a mantener acuerdos preferenciales con los países del grupo ACP, pero tuvo que reformar ciertos elementos claves de su régimen de importación, en particular el método de asignación de licencias y la asignación nacional de cuotas ACP, ambos fueron considerados descriminatorios. Estos 16 meses incluyeron el uso por primera vez del Órgano Apelativo de la OMC, un procedimiento formal en el que los partidos pueden apelar una decisión de la OSD. Habiendo perdido la apelación, EEUU tuvo 15 meses desde el 25 de septiembre de 1997 para  formular e implementar cambios, de lo contrario corre riezgo a sanciones económicas.