Las compañías bananeras nacionales son responsables de aproximadamente la mitad de toda la producción para el mercado mundial, a pesar de que el volumen varía de país en país. Por ejemplo, en Ecuador, casi toda la producción está en manos de compañías ecuatorianas, mientras que las compañías costarricenses solamente son responsables de aproximadamente la mitad de bananos producidos en dicho país. Sin embargo, en la mayoría de los casos, las compañías bananeras nacionales exportan su fruta a través de las cinco grandes multinacionales.

Cuando las multinacionales se abastecen de productores nacionales, es más fácil para ellos negar todo tipo de responsabilidad con relación a las condiciones que prevalecen en dichas plantaciones. Los productores nacionales no tienen el mismo acceso al capital para invertir en mejoras. Adicionalmente, éstos dependen de las multinacionales para los precios que reciben por su producción.

A parte de Noboa/Bonita, las grandes compañías nacionales independientes son Reybanpac/Favorita en Ecuador, Uniban/Turbana y Banacol en Colombia, Caribana y Grupo Acon en Costa Rica.  Productores Jamaiquinos (JP) y la Compañía Exportadora de Banano de las Islas de Barlovento (WIBDECO) son pequeñas pero en buena parte son independientes de las cinco grandes multinacionales. Sin embargo, en la mayoría de los casos, las compañías nacionales han tenido que vincularse con las cinco grandes cuando se trata de comercialización. Por ejemplo, Banacol y JP han tenido una colaboración conjunta con Del Monte y Dole respectivamente, mientras que Caribana esta vinculada con Chiquita y Grupo Acon vende especialmente a Dole.

Uniban, cooperativa de productores en la región de Uraba, ha hecho que su marca Turbana sea la cuarta más grande en el mercado estadounidense. Además, tiene uno de los mejores records en negociar contratos colectivos con los trabajadores. Esta compañía también es dueña de plantaciones en Costa Rica, al igual que JP.

Sin embargo, sindicatos y ONG en América Latina constantemente han informado que los salarios, condiciones laborales y control de prácticas ambientalistas son igual de malas y sino peores en plantaciones nacionales que en las plantaciones pertenecientes a las multinacionales. A pesar de esto, muchos dueños nacionales, incluyendo Panamá, Honduras y Guatemala, no tienen mucha opción sino vender a una u otra de las multinacionales.