El peso y la incesante presión de EEUU y varios países latinoamericanos obligaron a la UE, bajo la amenaza de sanciones económicas, a anunciar las reformas que se implementaron desde el 1 de enero de 1999. Los elementos claves de esta reforma fueron:

• La asignación de casi 90% de la cuota de bananos dólar a los cuatro países productores principales. Todos los otros países, incluyendo los países ACP como República Dominicana y Ghana, que no son parte de los 12 exportadores tradicionales ACP, competirín por el 10% restante.
• La eliminación de los certificados de exportación y simplificación del sistema de asignación para las licencias de importación.
• La eliminación de asignaciones nacionales dentro de la cuota ACP. Cada uno de los países ACP podía ahora exportar tanto como deseaba hasta el máximo annual combinado de 857.700 toneladas.
• Fue revisado la forma en que los costos de producción son calculados y se ha aumentado el límite de los pagos de compensación.

Los países más beneficiados con estas reformas fueron los cuatro países exportadores principales latinoamericanos y los más competitivos entre los países ACP, en particular Camerún, Costa de Marfil y Belise, que con la cancelación de las asignaciones de las cuotas nacionales dentro de la cuota ACP, eran ahora capaces de incrementar sus exportaciones a los EEUU libres de impuestos.

Pero Ecuador estaba aún disatisfecho con la porción de la cuota dólar que se le ha dado (26.2%) y también con un sistema de asignación de licencias que siente ser una discriminación contra los exportadores ecuatorianos. Dos semanas antes de la implementación de la reforma, el gobierno ecuatoriano presentó una nueva queja frente a la OMC.

EEUU, todavía presionado por Chiquita, tampoco estaba satisfecho y en febrero de 1999 anunció algunas sanciones contra varios productos europeos, al volor de US$ 191,4 millones al año. Aunque la OMC juzgó estas sanciones ser una violación a sus regulaciones por haber sido hechas uniteralmente, entraron en juego en marzo de 1999.  Tarifas del 100% se agregaron a productos absolutamente sin relación a los bananos, tales como velas decorativas, quesos, sales de baño, armarios y cafeteras.

En 1999, un nuevo Grupo Especial de la OMC jugó a favor de Ecuador: las reformas de la UE sí discriminaron a los exportadores ecuatorianos, concluyó. Una vez más, se le dio a la UE 15 meses para alinear su régimen de importación de banano con las reglas y recomendaciones de la OMC. La UE comenzó a estudiar algunas opciones que permanecieron abiertas para la asignación de sus licencias y proponer alternativas.

En el 2000, Ecuador, cansado de esperar, obtuvo de la OMC la autorización para aplicar sanciones contra la UE al valor de US$201 millones al año. Fue la primera vez que un país en vía de desarrollo había ganado una disputa contra uno de los comerciantes más grandes del mundo. Ecuador, de todos modos, encontró difícil aplicar sanciones cuando la mayoría de los productos que importa de la UE son productos básicos para la alimentación de la población. Aumentar las tarifas de estos productos hubiese sido suicida para el gobierno ecuatoriano quien cambió su política y demandó en cambio que se aumente su porción en el mercado europeo del banano.

Mientras tanto, algunos cambios fueron tomando lugar en las posiciones de los países miembros de la UE, haciendo imposible una reforma dentro del tiempo límite estipulado por la OMC. No fue hasta abril de 2001, cuando parecía que la UE estaba a punto de implementar un sistema de asignación de licencias controvercial ‘primero entrado, primera servido’, cuando la UE anunció que finalmente llegó a un acuerdo con los dos demandantes: Ecuador y Estados Unidos.